2262年，地球军上尉伊丽莎白·洛克利被任命为巴比伦5号空间站的指挥官。该空间站逐渐发展成为逃离灵能部队的叛变心灵感应者的庇护所，并由此引发了冲突。前纳尔恩驻巴比伦5号空间站大使格卡尔，在纳尔恩-半人马座战争期间被监禁期间所著书籍出版后，不情愿地成为了精神偶像。德拉克人，曾经的暗影联盟盟友，留在银河系，通过一种名为守护者的寄生生物控制了半人马座主星上的摄政王维里尼，并挑起半人马座与星际联盟之间的战争，目的是将半人马座与星际联盟隔离开来，为自己争取一个可塑的家园。

2261年，沃伦人加入了暗影战争，但当沃伦人开始摧毁他们认为受到暗影“影响”的整颗星球时，他们的策略引起了联盟的担忧。巴比伦5号对此感到不安，于是招募了其他几个强大而古老的种族（即“先民”）加入他们的阵营，共同对抗暗影和沃伦人。约翰·谢里丹上尉逃离扎哈杜姆后返回空间站，但他付出了代价：除非生病或受伤，否则他只剩下20年的生命。陪伴他的是一位名叫洛瑞恩的神秘外星人，洛瑞恩自称是银河系中最古老的智慧生物。

在一个偏远的北方村庄里，小女孩尤里（海伦娜·泽格尔 Helena Zengel 饰）从小就养成了天黑后绝不外出的习惯，并惧怕被称为“奥奇”的隐居森林生物。当一只小“奥奇”被它的族群遗弃时，尤里开启冒险之旅，让它与族群团聚。