大清末年，少女吟儿（刘若英 饰）出嫁前夕，被强召入宫，与心上人荣庆（黄海冰 饰）天各一方，俩人遵循不求同生但求同死的信念，期待重逢的那一天。初来乍到宫中，吟儿对一切都不甚了解，凡事由姑姑们相教。从此，她开始了九死一生的岁月，先后伺候过慈禧太后（斯琴高娃 饰）、珍妃（蒋雯丽 饰）和光绪皇帝（邱心志 饰）。宫外的荣庆则辗转九城，始终不忘与吟儿的约定，他们伴随着摇摇欲坠的晚清帝国，经历了一系列当时所发生的历史亊件。宫墙内外的一双小人物随着时局的动荡和宫庭恩怨似树叶般飘来落去、身不由已。终于，在西太后格外恩准下，历经十年分离之苦的吟儿和荣庆终得团聚，伹却应证了当初的诺言，洞房之夜双双殒命......

立居（丁子峻 饰）和女友相恋多年，却还是落得一个分道扬镳的下场。这段感情令立居十分手上，陷入低沉的情绪中无法自拔。一次偶然中，立居邂逅了名为边庭花（宁静 饰）的女子，边庭花的个性古灵精怪，满脑子的奇思妙想，和崇尚自然的立居很不一样，然而，在这性格迥异的两人之间却起了奇妙的化学反应，两颗心渐渐靠近。 　　之后，立居又认识了富家千金安儿（蒙嘉慧 饰），几人之间结下了坚实的友谊。立居想要在上海开店，遂寻求边庭花的帮助。然而，令他没有想到的是，巨大的失败令自己很快就沦落到身无分文的境地，偌大的城市中，无处可去的立居只得暂时住进了边庭花的家中。

春秋战国著名侠士聂政，看到韩国君无道，民不聊生，在好友严仲子帮助下，刺杀韩王，却使奸臣韩傀逃命，为了不连累他人，聂政自杀身亡。严仲子冒死盗出聂政尸体厚葬，并将聂政留下一把缩骨剑及一本记载着神秘诱导基因的著作埋进蝴蝶迷谷。 　　时间移到1995年夏，武夷山生物夏令营少年科学家胭脂玉、调皮鼠在教师东方子英带领下采集生物标本时，意外发现灭绝三千年珍贵蝴蝶——金粉红蝴蝶，此蝶由神龟变化而来。胭脂玉在金粉红蝴蝶和神龟的诱导下，发现了二千年前聂政留下的书剑。同时在东方子英老师的启发和诱导下，他和伙伴顺风耳等发现了“思维黑箱”之迷，这对思维科学研究来说是一场大突破，惊动了联合国科教文组织一批科学家来华考察，引起一场悬殊大答辩。 　　在未来时空里，有一座孤岛——达拉门森岛，当年韩傀已成岛上独裁总督。为了把世上所有财富全部占为已有，他亲自研究泥土如何变为宝石实验，但都告失败了。当听说“思维黑箱”能帮他解决这问题时，他展开一系列罪恶活动，并派他女儿哈娜公主带领两名武士——白狐、猎女倒回现代时空，寻找胭脂玉，胭脂玉却在未来时空中的蝴蝶迷宫遇到聂莹，由于误了和科学家答辩时间，她的老师东方子英被子逼辞职。她男朋友多次寻找她却无结果。胭脂玉借助红蝴蝶的功力，思维能越来越聪明起来。 　　哈娜公主屡次和她进行较量，都告失败，韩傀一怒之下下令炸毁蝴蝶迷宫。为了彻底打败韩傀一伙恶势，胭脂玉和聂莹联手闯进达拉门森总督府，成了三千年一对刺客。最后，在蝴蝶和神龟帮助下，正义终于战胜了邪恶，天狼被消灭，可是东方子英老师在也不能回到地球了。 　　本剧故事情节复杂、生动、似波浪一浪高过一浪，险象环生，观众对象除青少年外，也适应于其他层次观众。